依據環保署最近完成的研究報告，衛生紙投入馬桶，不僅增加下水道系統之負荷，亦將增加化糞池沈積物，並可能導致化糞池阻塞及管線通水不順等情形，致影響居家附近及承受水體環境品質。又以節能減碳效益而言，衛生紙投入垃圾桶之效益優於投入馬桶。因此，不宜宣導將衛生紙投入馬桶。
環保署表示，為評估衛生紙丟入馬桶對相關環境面向之影響，辦理「衛生紙投入衛生設備對整體環境影響探討」計畫，相關結論如下：
一、一般衛生紙是用短纖維製造，遇水易物理性破碎；另面紙使用長纖維製造，添加濕強成分，遇水不易解離分散，易阻塞馬桶。
二、衛生紙於實場污水處理單元，其產生之懸浮固體物及化學需氧量對污水處理程序雖不致影響，惟因懸浮固體物去除比例高，沈澱後衛生紙將進入污泥處理系統，增加污水廠之污泥處理量。
三、衛生紙投入馬桶轉換成水肥，經污水廠處理，將污泥以掩埋方式或將污泥以焚化廠焚化方式處理，每年分別會消耗1.6萬度電或回收231萬度電；衛生紙投入垃圾桶，運送至焚化廠進行焚化處理，每年可回收2,060萬度電。以節能面向觀點，如廁後衛生紙投入垃圾桶優於投入馬桶。
四、以前述流程進行減碳面向分析，並考量焚化處理回收熱能之減碳量，投入馬桶以掩埋為後段處理，其排碳量為10 公噸 CO2-e/年，以焚化為處理之減碳量為1,430公噸 CO2-e/年；而投入垃圾桶減碳量為12,200公噸 CO2-e/年。以減碳觀點，如廁後衛生紙投入垃圾桶優於投入馬桶。
環保署說明，依該研究報告建議，紙品製造業者，應加強相關商品標示，如修正為「雖可碎解於水中，但棄置馬桶不利能源回收」、「於水中不易碎解，不可投入馬桶，避免阻塞」等類似警語，以提醒民眾注意。
環保署表示，公廁管理單位亦應提醒民眾避免將物品投入馬桶而造成通水不順等問題，而先進國家採用加蓋之垃圾桶，並提升公廁環境清潔及清掃頻率，即可避免如廁觀瞻不佳及異味問題，並可增加民眾如廁舒適度。另，住家應加強化糞池水肥定期清理，避免因沈積物增加、有效容積減少而影響處理水質。